在民间传说里，朱翊钧最被人所津津乐道的是他对张居正的绝情。明神宗朱翊钧即位时年仅十岁，由内阁首辅张居正辅佐，张居正生前鞠躬尽瘁、死而后已，为明朝乃至整个中国的稳定和发展都做出了不可磨灭的贡献，却在死后遭到朱翊钧的清算，万历二十四年（1596年），张居正被开棺鞭尸，朱翊钧将张居正的儿子张敬修发配海南。张居正死后不过6年，大明朝的命运便发生了逆转。

万历二十年（1592年），朱翊钧曾下令驱逐利玛窦出境。利玛窦曾多次向朱翊钧献礼，其中包括一块石刻、两面大铜壶和一个带唱歌机械装置的自鸣钟。朱翊钧对此非常高兴，并亲自接见利玛窦。不过，不久之后，朱翊钧却突然改变了主意，下令驱逐利玛窦出境。有史学家认为，朱翊钧之所以这么做，是因为他担心利玛窦会对中国的传统文化和价值观产生负面影响。

隆庆五年（1571年），利玛窦来到中国，并开始传教。他首先在广东、广西等地传教，后来又前往南京、北京等地。在传教的过程中，利玛窦逐渐认识到，中国是一个拥有悠久历史和灿烂文化的国家，而基督教要想在中国扎根，就必须与中国的传统文化相结合。因此，利玛窦开始学习中文，并对中国文化进行深入的了解。他还将《圣经》翻译成中文，并撰写了多部关于中国文化的著作。

朱翊钧对利玛窦的学识和才华非常欣赏，并曾多次召见利玛窦。利玛窦也曾多次向朱翊钧献礼，其中包括一块石刻、两面大铜壶和一个带唱歌机械装置的自鸣钟。朱翊钧对此非常高兴，并亲自接见利玛窦。不过，不久之后，朱翊钧却突然改变了主意，下令驱逐利玛窦出境。

有史学家认为，朱翊钧之所以这么做，是因为他担心利玛窦会对中国的传统文化和价值观产生负面影响。朱翊钧是一位非常保守的皇帝，他认为中国的传统文化和价值观是神圣不可侵犯的。他担心利玛窦会利用自己的影响力来改变中国的传统文化和价值观，从而对中国的稳定和发展产生不良影响。