党组织在纪律审查中发现党员有其他违法行为时，应当按照《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，依法依规进行处理。

具体处理流程通常包括以下步骤：

1. 初核调查：党组织收到举报或线索后，对党员是否存在违法行为进行初步调查。

2. 立案审查：初核调查后，若有证据证明党员涉嫌违法，党组织将立案审查。

3. 审查调查：审查调查小组对党员违法事实进行深入调查，收集证据。

4. 做出处理决定：根据调查结果，党组织根据党员违法行为的严重程度，做出相应的处理决定，如党纪处分、移送司法机关等。

在处理过程中，党组织应坚持以下原则：