1. 生态破坏： 三峡工程截断河流，阻隔鱼类洄游，破坏了长江的生态平衡。同时，水库淹没了大量森林和农田，导致生物多样性丧失。

2. 地质灾害： 三峡工程改变了河流的流向和水流速度，引发了滑坡、泥石流等地质灾害。

3. 水质污染： 三峡工程导致水库水质恶化，加剧了长江流域的水污染问题。

4. 气候变化： 三峡工程改变了区域气候，导致了降雨量减少、气温升高等问题。

5. 经济损失： 三峡工程耗资巨大，给国家带来了沉重的经济负担。此外，三峡工程还导致了航运、渔业等行业的发展受阻，造成了一定的经济损失。

6. 社会问题： 三峡工程导致了大规模移民，给移民安置和社会稳定带来了挑战。