机关单位的日常保密工作主要由以下机构管理：

1. 保密委员会

保密委员会是机关单位内部负责保密工作的主管机构，负责制定保密工作的方针政策、制度规定，对重要文件的保密管理、保密宣传教育、保密检查监督等工作进行领导、管理和监督。

2. 保密办公室（小组）

保密办公室（小组）是保密委员会的办事机构，具体负责日常保密工作，包括文件保密、会议保密、信息系统保密、人事保密、涉外保密等工作。

3. 保密员

保密员是机关单位内部负责日常保密管理的专职人员，负责本部门（单位）的保密管理工作，包括文件管理、会议管理、信息系统管理、涉密人员管理等工作。

4. 其他责任部门

机关单位的其他部门，如办公室、人事部门、财务部门等，在各自的职责范围内，也负有保密管理的责任，配合保密委员会、保密办公室（小组）和保密员开展保密工作。