黑衣组织的黑手

柯南的缩小，源于黑衣组织研制的“APTX4869”毒药。这个邪恶的组织企图利用这种毒药来消除异己，而工藤新一正是他们的目标之一。在一次调查中，工藤新一无意中发现了黑衣组织的秘密，为了灭口，组织给他灌下了“APTX4869”。

灰原哀的解药

就在工藤新一以为自己的人生走到尽头的时候，一位名叫灰原哀的神秘少女出现了。灰原哀是黑衣组织的叛逃成员，她良心发现，研制出了“解药”。然而，这种解药只能暂时恢复工藤新一的本来面目，并不能完全消除“APTX4869”的毒性。

博士的改良

为了让工藤新一彻底摆脱缩小的诅咒，阿笠博士对灰原哀的解药进行了改良。博士巧妙地利用了“APTX4869”的特性，研发出了一种“临时恢复药”，可以持续数小时让工藤新一恢复成原来的大小。

新一的归来

在最新一季的《名侦探柯南》中，工藤新一终于迎来了复活的时刻。小兰在一次案件中发现了工藤新一独特的推理方式，怀疑起柯南就是新一本人。经过一系列的试探和证据搜集，小兰终于确定了柯南的真实身份。

在小兰的帮助和博士的技术支持下，工藤新一使用“临时恢复药”恢复成原来的样子，并且在众人面前揭开了柯南的伪装。至此，工藤新一华丽复活，黑衣组织的阴影也终于被彻底驱散。