在《女娲传说之灵珠》的故事中，灵珠是女娲补天后剩下的碎片，蕴含着强大的法力。游戏一开始，灵珠被一个贪婪的妖怪夺走，玩家需要一路追寻妖怪，夺回灵珠，拯救苍生。

经过一番艰苦卓绝的战斗，玩家终于打败了妖怪，夺回了灵珠。然而，灵珠并没有回到女娲手中，而是选择了一条不同的道路。

原来，灵珠在被妖怪夺走期间，吸收了大量的妖气，导致它变得邪恶不堪。灵珠不愿意回到女娲身边，反而想要利用自己的力量统治世界。

玩家得知灵珠的邪恶计划后，不得不与灵珠展开最后的决战。在玩家强大的力量和女娲的帮助下，灵珠最终被击败，它的邪恶力量也被净化。

然而，灵珠并没有彻底消失。它的碎片散落在人间的各个角落，等待着有缘人将其重新组合。这些碎片拥有着不同的属性，可以给持有者带来不同的能力。

从此，灵珠的碎片成为了江湖上争相追逐的宝物，而灵珠的传说也在民间广为流传。人们相信，只要集齐灵珠的碎片，就能获得无穷的力量，实现自己的愿望。