在《潜行狙击》的结局中，潜伏在警局卧底的军火商卓凯利用警察吴飞的身份，企图掩护武装分子营救被抓获的贼王九纹龙。为了阻止这一切的发生，警方高层派出了秘密特工杀害了贼王九纹龙。与此同时，另一位臥底李思捷与卓凯同时暴露，在经过一系列惊险刺激的打斗后，李思捷成功救下警队一姐梁小柔。警察虽然成功挫败了军火商的计划，但卓凯还是开枪打死了李思捷，不过，卓凯因其隐藏多年的卧底身份也暴露了。最后， 卓凯被逮捕，秘密特工开槍射殺梁小柔。

这个结局真的非常震撼，让人意想不到。明明李思捷在最后关头已经成功救下了梁小柔，好不容易逃出了卓凯的枪口，竟然又死于秘密特工之手，真的很让人唏嘘。而秘密特工更是让观众震惊，一开始还以为他是忠心耿耿的警察，可没想到他最后竟然会洗白反派，实在是太意外了。

《潜行狙击》的结局虽然很悲惨，但其实也留下了很多悬念。例如，到底是谁杀死了秘密特工？卓凯之后会怎么样？这些问题都给观众留下了无限的遐想。