《萌学园3：时空战役》共52集，于2012年3月12日首播。该季故事设定在《萌学园2：圣战再起》之后，萌骑士们为了阻止反派组织铁克诺入侵萌学园，穿越时空，来到了不同的历史时期。

在时空战役中，萌骑士们遇到了许多历史人物，包括孔子、亚历山大大帝、居里夫人等。他们利用各自的天赋和技能，与铁克诺展开了一场惊心动魄的较量。

本季的主题是“勇气与友谊”。萌骑士们在不同的时空面临着各种挑战，但他们始终团结一致，凭借勇气和友谊最终战胜了邪恶势力。